サイホン式便器の仕組みは、高低差のあるパイプの中を水で満たし、管が受ける気圧の影響を活用しています。排水トラップに原理を利用したもので、満水にすることにより、水流を作り汚物を排出する便器の方法です。留水面を広くできるメリットがあるため、その分だけ汚物をすぐに吸い込むことができるようになり、臭気も抑えることができます。汚物もつきにくくできるため、普及するようになりました。サイホン式には水を欠かすことができないため、付属のタンクから大量の水を流すことになります。留水面の大きさによっていろいろな種類が存在し、さらに強い水流を起こせるサイホンゼット式便器もサイホン式のひとつです。